Nguyên nhân chủ yếu khiến các dự án BOT giảm doanh thu được nêu ra gồm: Giảm giá vé cho các xe ở lân cận trạm thu phí, giảm giá vé theo chỉ đạo của Chính phủ tại Nghị quyết số 35 ban hành năm 2016, sự gia tăng các xe sử dụng vé tháng/quý/năm, lưu lượng xe qua trạm thu phí ở một số tuyến thấp hơn so với dự báo. Đáng lưu ý, từ đầu năm 2020, dịch covid-19 làm các doanh nghiệp BOT thêm khốn đốn do lượng xe giảm mạnh, doanh thu teo tóp cũng là nguyên nhân khiến các doanh nghiệp BOT than Trời.
Ngoài ra, các dự án BOT chưa được tăng phí theo lộ trình trong hợp đồng BOT theo chỉ đạo của Chính phủ để ổn định kinh tế vĩ mô cũng được Bộ GTVT đánh giá là nguyên nhân đặc biệt. “Các doanh nghiệp BOT gặp rất nhiều khó khăn khi phải bổ sung kinh phí để trả nợ ngân hàng theo kế hoạch và các ngân hàng đã có ý kiến về nguy cơ phải cơ cấu lại thời hạn trả nợ, chuyển nhóm nợ đối với các khoản vay đầu tư BOT”, theo Thứ trưởng Bộ GTVT Nguyễn Nhật.
Trước đó, Bộ GTVT kiến nghị Thủ tướng cho tăng phí BOT theo hợp đồng đã ký, giao Bộ GTVT lựa chọn thời điểm phù hợp để hạn chế tối đa ảnh hưởng đến chi phí vận tải. Thực hiện phương án này Nhà nước không phải bố trí khoảng 5.080 tỉ đồng hỗ trợ các dự án BOT nếu các dự án chỉ được tăng phí từ năm 2022.
Tuy nhiên, nếu tăng phí BOT trong thời gian tới đây, dư luận đang đặt câu hỏi Covid-19 đã làm cho cả nền kinh tế đất nước bị ảnh hưởng chứ không riêng gì các dự án BOT. Nếu cứ nói tăng phí theo lộ trình thì bao ngành nghề khác sẽ ra sao? Thời điểm này chưa thích hợp cho việc đó.
Mặt khác, cũng có ý kiến cho rằng, Nhà nước cần hỗ trợ việc này, nhưng trước hết hãy minh bạch số phí thu được bằng hệ thống thu phí tự động (ETC) để Nhà nước nắm rõ số tiền thu được, sau đó cân đối với vốn bỏ ra - đó mới là vai trò quản lý của nhà nước. Chứ như hiện nay Nhà nước chưa kiểm soát đúng số thu mà mới chỉ dựa vào báo cáo của doanh nghiệp.