Theo Zing News, trong kết luận điều tra về vụ cao tốc TP.HCM - Trung Lương, Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an đề nghị VKSND Tối cao truy tố các ông Đinh La Thăng và Nguyễn Hồng Trường về tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản Nhà nước gây thất thoát, lãng phí.
Ngoài cáo buộc ông Đinh La Thăng (cựu Bộ trưởng GTVT) là chủ mưu, cầm đầu để xảy ra sai phạm trong vụ án, cơ quan điều tra cũng xác định ông Nguyễn Văn Thể (khi đó là Thứ trưởng Bộ GTVT, nay là Bộ trưởng GTVT) ký 3 văn bản không đúng quy định của pháp luật
Bộ này có 12 văn bản chỉ đạo, trong đó ông Nguyễn Văn Thể đã ký 3 văn bản chỉ đạo đều "Không đề nghị chấm dứt trước hạn hợp đồng theo quy định, thu quyền thu phí" - kết luận điều tra nêu.
Cụ thể, ngày 31/8/2015 ông Nguyễn Văn Thể ký văn bản số 11594 gửi Tổng công ty Cửu Long, Công ty Yên Khánh, nội dung chỉ đạo: Yêu cầu Công ty Yên Khánh căn cứ thông báo kết luận của Bộ GTVT khẩn trương thực hiện thanh toán theo đúng tiến độ cam kết, giao Tổng công ty Cửu Long có trách nhiệm thanh toán theo đúng cam kết. Tiếp đến, ông Thể cũng ký văn bản cũng có nội dung tương tự.
Khi Tổng công ty Cửu Long có báo cáo đề xuất chấm dứt hợp đồng, thứ trưởng Nguyễn Văn Thể ký tờ trình ngày 22/6/2015 gửi bộ trưởng Đinh La Thăng về tình hình thực hiện hợp đồng mua quyền thu phí cao tốc TP.HCM - Trung Lương, báo Tuổi Trẻ đưa tin.
Trong báo cáo này có nêu rõ: đến nay đã có đủ cơ sở để xem xét chấm dứt họp đồng chuyển giao quyền thu phí đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương đối với Công ty Yên Khánh.
Ngày 23/6/2015, ông Đinh La Thăng có bút phê vào tờ trình chỉ đạo: "Đề nghị anh Thể chỉ đạo giải quyết theo đúng hợp đồng của hai bên đã ký và đúng quy định của pháp luật. Tuy nhiên cũng cần làm rõ trách nhiệm của nhà đầu tư và các cơ quan nhà nước, Tổng công ty Cửu Long".
Sau đó, ông Nguyễn Văn Thể ghi ý kiến chỉ đạo tiếp theo dưới bút phê của ông Đinh La Thăng: "Gấp, yêu cầu Tổng công ty Cửu Long, Vụ Tài chính, Pháp chế... làm việc lại với Công ty Yên Khánh thảo luận từng vấn đề cụ thể, có kết luận rõ ràng, dứt khoát...".
Để có lý do báo cáo sự chậm trễ và cấn trừ số tiền phải thanh toán, Công ty Yên Khánh có văn bản gửi Bộ GTVT kiến nghị về việc giao Công ty Yên Khánh được chỉ định làm nhà đầu tư xây dựng bổ sung 2 nút giao thông trên tuyến nối Tân Tạo - Chợ Đệm thuộc đường cao tốc TP.HCM - Trung Lương, theo hình thức hợp đồng BOT hoặc BOT kết hợp BT với tổng đầu tư 1.300 tỉ đồng. Ông Đinh La Thăng ghi bút phê vào tờ trình: "Đồng ý, kính chuyển anh Thể giải quyết".
Bộ Công an kết luận việc ông Nguyễn Văn Thể ký các văn bản chỉ đạo trong năm 2015 và chủ trì kết luận nhiều cuộc họp có nội dung như trên là thực hiện không đúng quy định của pháp luật, hợp thức hóa các nội dung Công ty Yên Khánh đề xuất.
Cơ quan điều tra chỉ rõ sai phạm của ông Đinh La Thăng và các bị can đã để cho Công ty Yên Khánh của Đinh Ngọc Hệ, là công ty kinh doanh thua lỗ, không đủ tư cách tham gia nhưng trúng đấu giá. "Sai phạm của từng cá nhân ở từng giai đoạn liên hệ chặt chẽ với nhau, không tách rời gây thất thoát, thiệt hại cho Nhà nước hơn 725 tỷ đồng", kết luận điều tra nêu.