Giữa tháng 4 vừa qua, HLV Phan Thanh Hùng bất ngờ nộp đơn xin nghỉ lên lãnh đạo CLB B.Bình Dương với lý do sức khỏe không đảm bảo, cụ thể là gặp vấn đề về bệnh tim. Đây là lý do bất khả kháng nên phía đội bóng đất Thủ đành tạo điều kiện tốt nhất cho nhà cầm quân người Hà Đẵng dừng công việc để trị bệnh, tạm đưa trợ lý Nguyễn Thanh Sơn quay lại làm HLV trưởng, còn ông Đặng Trần Chỉnh làm cố vấn. Lãnh đạo CLB B.Bình Dương cũng nhấn mạnh khi HLV Phan Thanh Hùng chữa trị bệnh xong, CLB sẽ mời quay trở lại.
Thực tế, đây không phải lần đầu tiên HLV Phan Thanh Hùng xin rời đội bóng mà mình dẫn dắt vì lý do sức khỏe. Còn nhớ vào đầu năm 2016, cựu HLV ĐT Việt Nam này cũng bất ngờ nộp đơn xin nghỉ lên lãnh đạo Hà Nội T&T (nay là Hà Nội FC) với lý do gặp vấn đề về sức khỏe (liên quan đến tim mạch).
2 lần HLV Phan Thanh Hùng đột ngột bị bệnh tim, xin rời CLB
Khi ấy, dù V.League 2016 chỉ còn 1 tuần nữa là khởi tranh, bầu Hiển cũng đành phải ngậm ngùi chấp nhận để nhà cầm quân sinh năm 1960 rời nhiệm sở. Rất bất ngờ là chỉ vài ngày sau khi rời Hà Nội T&T với lý do sức khỏe, HLV Phan Thanh Hùng lại xuất hiện tại Than Quảng Ninh với vai trò "thuyền trưởng".
Ngay trong mùa đầu tiên, ông đã giúp đội bóng đất Mỏ giành Cúp QG và Siêu cúp QG. Không những vậy, nhà cầm quân gốc Đà Nẵng này còn giúp Than Quảng Ninh xây dựng lên một tập thể khó đại bại tại V.League, liên tục có những vị trí cao trên BXH trong những mùa gần đây.
Kết thúc mùa giải 2020, do Than Quảng Ninh gặp những vấn đề về tài chính, cụ thể là nợ lương Ban huấn luyện và cầu thủ trong nhiều tháng liền, HLV Phan Thanh Hùng đã quyết định ra đi. Ông nhận lời dẫn dắt B.Bình Dương trước khi đột ngột xin nghỉ ở đội bóng này cách đây khoảng 3 tuần vì lý do sức khỏe.
Cũng như lần chia tay Hà Nội T&T, mới đây HLV Phan Thanh Hùng lại bất ngờ nhận lời dẫn dắt SHB Đà Nẵng thay cho HLV Lê Huỳnh Đức. Đà Nẵng chính là quê hương của HLV Phan Thanh Hùng và cũng là nơi ông khởi nghiệp huấn luyện. Giai đoạn từ 2007 tới 2009, ông từ dẫn dắt đội 1 SHB Đà Nẵng, nhưng không thực sự thành công.