Theo thông báo của Tổng cục Đường bộ, đoàn kiểm tra của Tổng cục Đường bộ Việt Nam đã kiểm tra hồ sơ thu phí trong 10 ngày (từ ngày 28/1 đến ngày 8/2/2019) của trạm thu phí dịch vụ sử dụng đường bộ Dầu Giây.
Theo đó, hồ sơ lưu tại trạm thu phí Dầu Giây trong khoảng thời gian trên thu được hơn 13,2 tỷ đồng. Như vậy trung bình một ngày đêm (3 ca) thu được: hơn 1,1 tỷ đồng và đã nộp vào tài khoản của VEC tại ngân hàng hơn 10,5 tỷ đồng. Số tiền bị cướp ngày 7/2 là 2,2 tỷ đồng, tiền thu phí còn tồn quỹ hơn 465 triệu đồng.
Tại thời điểm bị cướp, số tiền mặt có tại két phòng Kế toán vé thẻ là hơn 3,2 tỷ đồng, trong đó gồm: Tồn quỹ dự phòng khẩn cấp của VEC E là hơn 80 triệu đồng; doanh thu giữ lại của VEC để đổi tiền lẻ trong dịp Tết Kỷ Hợi là 600 triệu đồng; số tiền thu phí của 08 ca từ ca 2 ngày 4/2 đến hết ca 3 ngày 6/2 là hơn 2,5 tỷ đồng.
Sau khi xảy ra vụ cướp, dư luận hoài nghi về việc VEC công bố về số tiền bị cướp, số tiền thu phí được, đoàn kiểm tra của Tổng cục Đường bộ đã tiến hành kiểm tra đột xuất, kiểm tra chứng từ liên quan đến số tiền thu phí của 8 ca. Kết quả kiểm tra cho thấy các chứng từ thu phí được lưu đầy đủ, các báo cáo thực hiện theo quy trình thu phí tại trạm, tổng số tiền thu phí của trạm thu phí Dầu Giây là hơn 2,5 tỷ đồng (bình quân hơn 318 triệu đồng/ca).
Từ kết quả kiểm tra, Tổng cục Đường bộ kết luận, các con số trên khớp đúng với báo cáo của VEC.
Trước đó, sau hàng loạt nghi vấn về nguy cơ gian lận thu phí sau khi vụ cướp hơn 2 tỷ đồng tại trạm thu phí Dầu Giây vào ngày mùng 2 Tết Âm lịch Kỷ hợi, ngày 15/2/2019, Tổng Cục trưởng Tổng cục Đường bộ Việt Nam đã ban hành Quyết định số 421/QĐ-TCĐBVN về việc kiểm tra đột xuất công tác tổ chức và hoạt động của Trạm Thu phí dịch vụ sử dụng đường bộ Dầu Giây trên tuyến cao tốc TP.HCM – Long Thành – Dầu Giây do Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam (VEC) quản lý.
Công tác tổ chức, quản lý thu phí dịch vụ sử dụng đường bộ tại tuyến đường này được VEC giao cho đơn vị thành viên là Công ty Cổ phần Dịch vụ kỹ thuật đường cao tốc (VECE); công tác giám sát được VEC giao cho Trung tâm Giám sát khai thác vận hành đường cao tốc Việt Nam (VECM). Để thực hiện chức năng, nhiệm vụ, VECE thành lập Trung tâm Điều hành đường cao tốc TP. Hồ Chí Minh - Long Thành - Dầu Giây và 3 Trạm thu phí thuộc Trung tâm, gồm: Trạm Thu phí Long Phước, Trạm Thu phí NH51 và Trạm Thu phí Dầu Giây.
Đường cao tốc TP. Hồ Chí Minh - Long Thành - Dầu Giây thu phí tại 3 trạm, gồm: Trạm Thu phí Long Phước (Km11+150); Trạm Thu phí NH 51 (gồm 4 trạm nhánh: Nhánh A Km22+950; Nhánh B Km23+350; Nhánh C Km23+550; Nhánh D Km22+980); Trạm Thu phí Dầu Giây (Km52+300).
Dự án xây dựng đường cao tốc Bắc Nam đoạn TP. Hồ Chí Minh - Long Thành - Dầu Giây tổ chức khai thác và thu phí từ tháng 1/2013 tại Trạm Long Phước và từ tháng 02/2014 đối với Trạm Dầu Giây theo công nghệ thu phí hở.