Phát biểu tại phiên họp Chính phủ thường kỳ tháng 8/2017, Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam cho hay, mặc dù vụ việc VN Pharma đang được các cơ quan bảo vệ pháp luật thụ lý giải quyết nhưng dư luận xã hội đặc biệt quan tâm và nhiều ý kiến rất bức xúc ảnh hưởng đến lòng tin của nhân dân đối với cả hệ thống y tế. Vì vậy, cần được chỉ đạo xử lý nghiêm minh mọi vi phạm theo đúng quy định của pháp luật, làm rõ mọi góc khuất.
“Tôi đã chỉ đạo Văn phòng Chính phủ có văn bản yêu cầu Bộ Y tế báo cáo về trách nhiệm quản lý nhà nước của Bộ. Hôm nay, tôi đã nhận được báo cáo. Nội dung cơ bản như thông cáo báo chí của Bộ. Tôi đã có ý kiến: Cần thanh tra việc cấp phép nhập khẩu, cấp đăng ký thuốc của Bộ Y tế. Mặt khác đề nghị các cơ quan chức năng làm rõ các vấn đề dư luận quan tâm. Tinh thần là phải hết sức nghiêm minh và công khai” - Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam nói.
Ngay sau khi Phó Thủ tướng Vũ Đức Đam phát biểu, Thủ tướng Nguyễn Xuân Phúc kết luận: "Thanh tra Chính phủ tiến hành thanh tra việc cấp phép của Bộ Y tế, phải rất nghiêm túc, nhất là khi liên quan tới sức khỏe của nhân dân".
Cũng trong chiều ngày 30/8, lãnh đạo Văn phòng Thường trực Ban Chỉ đạo 389 Quốc gia cho biết, cơ quan này đã kiến nghị gửi Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình - Trưởng Ban chỉ đạo 389 Quốc gia liên quan đến vụ việc công ty VN Pharma.
Theo lãnh đạo Văn phòng 389, hành vi của công ty VN Pharma rất nghiêm trọng, thủ đoạn tinh vi, các đối tượng liên quan đã bất chấp nguy hiểm đến tính mạng người bệnh khi sử dụng thuốc giả, thuốc kém chất lượng. Vì vậy, cơ quan này kiến nghị Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình chỉ đạo Bộ Y tế khẩn trương rà soát đánh giá, làm rõ vai trò Cục quản lí Dược và các cơ quan liên quan Bộ Y tế đối với hoạt động sản xuất kinh doanh các loại dược phẩm, thực phẩm chức năng… trên toàn quốc. Kiến nghị Phó Thủ tướng chỉ đạo Bộ Y tế làm rõ trách nhiệm cá nhân, tổ chức liên quan đến vụ VN Pharma, xử lí nghiêm các sai phạm theo quy định pháp luật.
Đồng thời Văn phòng 389 Quốc gia cũng kiến nghị Phó Thủ tướng Thường trực chỉ đạo Tổng Thanh tra Chính phủ thành lập Đoàn Thanh tra liên ngành (có sự tham gia của Văn phòng Thường trực Ban Chỉ đạo 389 quốc gia) để thanh tra toàn diện công tác quản lí nhà nước đối với Cục Quản lí Dược và Cục An toàn Thực phẩm- Bộ Y tế.
Trước đó, tối ngày 29/8, nguồn tin Báo Người Lao động cho hay TAND TP HCM đã báo cáo TAND Tối cao toàn bộ vụ án buôn lậu thuốc chữa bệnh, làm giả con dấu, tài liệu của cơ quan, tổ chức tại Công ty CP VN Pharma. Tuy nhiên, lãnh đạo TAND TP HCM cho rằng vụ án mới được tuyên ở cấp sơ thẩm, các bị cáo có quyền kháng cáo và cấp phúc thẩm tiếp tục giải quyết, chưa có kết luận cuối cùng nên từ chối trả lời những vấn đề liên quan.