Hình dáng của con sông như ngày này đã được 2,4 triệu năm rồi. Đây là kết quả của công trình nghiên cứu của các nhà khoa học khi lấy mẫu trầm tích ở lỗ khoan tại cửa sông của Amazon.
Là con sông có lưu vực lớn nhất trên thế giới sông Amazon có trên 1000 con sông nhánh tạo thành một mạng lưới chằng chịt đan chéo nhau, thậm chí có những nhánh sông dài tới 1500 km. Lưu vực của sông Amazon đã chiếm gần 40% diện tích của toàn khu vực Nam Mỹ gấp đôi tổng diện tích lưu vực sông nằm ở Nam Phi.
Con sông Amazon cùng các phụ lưu của mình tiêu biểu bởi khu rừng rộng vào mỗi mùa mưa đều ngập trong biển nước. Mỗi năm, nước sông Amazon dâng cao trên 9m, có thể khiến tất cả các vùng lân cận ngập úng.
Ở khu vực Amazon, các rừng ngập nước là điển hình cho hình thức môi trường sống. Theo con số thống kê của các nhà khoa học, nếu vào mùa khô, diện tích ngập nước là 110 nghìn km vuông thì vào mùa mưa con số diện tích ngập nước sẽ là 350 nghìn km vuông.
Trong một năm, không phải đồng loạt 1000 nhánh sông của sông Amazon đều lên đến đỉnh lũ. Có những nhánh bắt đầu mùa lũ vào tháng 11 và cứ thế nước dâng cao cho đến tháng 6 năm sau. Tuy nhiên, có những nhánh như ở sông Rio negro, nước lũ lên vào tháng 2 hay tháng 3 nhưng đến tháng 6 đã bắt đầu rút nước.
Hay ví dụ như sông Madeira, nước lũ của sông này đều dâng lên và hạ xuống trong vòng 2 tháng và là con sông có mức lũ lụt nhanh nhanh trong 1000 nhánh sông của sông Amazon.
Để tính đến độ sâu của con sông amazon, các nhà khoa học ước tính, mức trung bình là từ 20 đến 26 mét. Tại khu vực như Manacupuru, thì nước sông chỉ ở mức là 24 mét so với mực nước biển. Và hơn một nửa sông của Amazon ở đây đều dưới mực nước biển. Đoạn sâu thấp nhất của sông Amazon là từ 20 đến 50 m, có những nơi thậm chí có thể lên tới 100m.
Lũ lụt ở sông Amazon xảy ra do hiện tượng sóng triều hay còn được gọi với cái tên là Pororoca. Sóng triều này thường xuất hiện vào cuối đông khi mà thủy triều cao, lúc đó toàn bộ Đại Tây Dương chìm trong biển nước. Sóng triều có thể lên cao tới trên 4m và có thể đi sâu vào đất liền là 13km.