Theo cáo trạng, bị cáo Huỳnh Ngọc Long được tiếp nhận về làm tại cơ quan đại diện Tạp chí Kiểm sát phía Nam từ tháng 10.2009. Tháng 3.2010, Long được phân công phụ trách cơ quan đại diện Tạp chí Kiểm sát phía Nam. Tháng 1.2016, Tạp chí này bổ nhiệm Long với chức danh Phó trưởng đại diện cơ quan Tạp chí Kiểm sát phía Nam.
Trong thời gian từ năm 2010 đến cuối tháng 6.2017, lợi dụng danh nghĩa là Phụ trách Tạp chí Kiểm sát phía Nam, Long đã xin mua và cấp phép sử dụng 8 khẩu súng và 50 viên đạn là công cụ hỗ trợ không đúng luật.
Để dễ bề thực hiện những ý đồ cá nhân, Long tự ý đăng ký con dấu tròn “Cơ quan đại diện Tạp chí Kiểm sát phía Nam”. Có con dấu trong tay, Long ban hành các công văn, giấy tờ cho các hoạt động của Tạp chí và cộng tác viên trái quy định.
Lợi dụng danh nghĩa Cơ quan đại diện Tạp chí Kiểm sát, Long đăng ký 6 ô tô và 5 xe máy với biển kiểm soát màu xanh cho các doanh nghiệp và cá nhân khác sử dụng nhưng dưới danh nghĩa Tạp chí. Sau đó, Long đã mua lại và bán một ô tô thu lợi cá nhân 100 triệu đồng.
Long tự ý chỉ đạo in và phát hành 182 logo truyền hình kiểm sát, đã bán 155 cái để các cá nhân dán vào xe ô tô riêng thu về số tiền hơn 234 triệu. Long còn chỉ đạo in và phát hành 341 thẻ cộng tác viên các loại bán cho các cá nhân để thu về gần 2 tỷ đồng; làm biển có tên phù hiệu kiểm sát cho 46 người; đặt may trang phục kiểm sát, làm cấp hàm, cấp hiệu cho 42 người, đã cấp phát cho 13 người...
Ngoài ra, Long còn thu được các nguồn khác hơn 366 triệu đồng nhưng không xác định được do không có ghi chép cụ thể sổ sách. Số tiền này, Long chỉ đạo cấp dưới nhập quỹ để chi tiêu cho hoạt động của cơ quan.
Giữ quyền công tố tại Tòa, VKSND TP.HCM nhận định, hành vi của Long đã làm mất uy tín của cơ quan Tạp chí Kiểm sát, xâm phạm đến các hoạt động quản lý và nghiệp vụ, ảnh hưởng đến công tác cán bộ của Tạp chí này. Vì vậy, những hành vi vi phạm của bị cáo Long đủ căn cứ truy tố tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, đề nghị HĐXX tuyên phạt bị cáo Long mức án 6 – 7 năm tù.
Trong quá trình xét xử, Long một mực kêu oan, khiếu nại rằng chỉ thực hiện nhiệm vụ, có một số sai sót khi thực hiện, vi phạm chỉ ở mức xử phạt hành chính, không phạm tội hình sự.
Qua điều tra của cơ quan CSĐT Công an TP.HCM, truy tố của VKSND và sau 2 ngày xét xử công khai tại Tòa, TAND TP.HCM nhận định: "Bị cáo Huỳnh Ngọc Long đã lợi dụng chức vụ, quyền hạn được giao, thực hiện hàng loạt hành vi vi phạm pháp luật trong một thời gian dài, làm mất uy tín của cơ quan Tạp chí Kiểm sát, xâm phạm đến các hoạt động quản lý và nghiệp vụ, ảnh hưởng đến công tác cán bộ của Tạp chí này đúng như nhận định của VKSND. Vì vậy, đủ căn cứ xác định Long phạm tội Lợi dụng chức vụ trong khi thi hành công vụ, tuyên phạt Long 4 năm tù giam".
Ngoài ra, trong vụ án này, VKSND TP.HCM còn đề cập đến trách nhiệm đối với ông Nguyễn Như Hùng - Tổng Biên tập Tạp chí Kiểm sát và ông Lâm Huy Chiêu - nguyên Phó Tổng Biên tập Tạp chí Kiểm sát vì đã thiếu trách nhiệm trong công tác quản lý, thiếu kiểm tra dẫn đến không phát hiện hành vi phạm tội của Long.
Ngày 27.9.2018, Đảng ủy Viện KSND Tối cao đã xem xét, thi hành kỷ luật về mặt Đảng bằng hình thức khiển trách và đang xem xét kỷ luật hành chính.
Đối với ông Nguyễn Huy Miện - nguyên Tổng Biên tập Tạp chí Kiểm sát liên quan tới các sai phạm của Long, cơ quan điều tra đang có kiến nghị xem xét trách nhiệm đối với ông này theo quy định của Đảng.
Còn đối với ông Lại Văn Loan - nguyên Phó Chánh văn phòng VKSND tối cao đã ký công văn gia hạn giấy phép sử dụng 3 khẩu súng do thấy các khẩu súng này đã được cấp phép theo đúng quy định, không có căn cứ xác định hành vi vi phạm của ông Loan.